ABiMS : Plateforme de bioinformatique
Description
Type d'entité Plate-forme
Activité générale ABiMS propose des analyses et des développements aux équipes de recherche dans le cadre de collaboration scientifique sous forme de projets. Son offre de service est répartie en cinq activités :
- e-infrastructure : cluster de calcul, Galaxy, JBrowse/Apollo, RStudio, banques, stockage and logiciels scientifiques
- Bio-analyse : analyse de données -omics\' (RNAseq, assemblage, metagénomique, metabarcoding, etc.)
- Ingénierie logicielle : création de sites web, logiciels et de base de données
- Formation : RNASeq, phylogénie, Linux, R, Python
- Support : pour l\'utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.)
La plateforme ABiMS appartient aux infrastructures nationales : Institut Français de Bioinformatique (IFB) et EMBRC-France.

Plateforme Biogenouest.
Mots-clefs bioinformatique, HPC, stockage, analyses de données, ingénierie logiciel, base de données
Labels Biogenouest
Infrastructure de Recherche (I.R.) du MESRI
EMBRC-France
EMBRC-ERIC
Elixir
ODATIS
Institut Français de Bioinformatique
Site internet Plug in labs Ouest
Entités rattachées
Bases de données
Calculateur haute performance
Logiciels

Services
Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
Analyses bioinformatique
E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
Formations
Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
Propriété de / opéré par
Site internet Station Biologique Roscoff
Site internet Sorbonne Université
Localisation et contact
CORRE Erwan Envoyer un email
Adresse Place Georges Teissier
Complément d'adresse Station Biologique de Roscoff - CS 90075
Code postal 29688
Commune ROSCOFF
Services
Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
Publics concernés Entreprises
Partenaires de recherche
Autres chercheurs
Modalités d'accès Collaboration de recherche
Environné
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/account
Description Accès à l'infrastructure de calcul, cluster de serveurs HPC de 32 Go et 2 To de RAM. Stockage sécurisé: 1.7 Po
Analyses bioinformatique
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Description
E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Description
Formations
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/training
Mobile ? oui non
Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Mobile ? oui non
Description Le développement logiciel a pour objectif de procurer aux équipes de recherche et à la communauté d'utilisateurs des bases de données et outils adaptés à leurs besoins
Description
Certification, normalisation, calibration ISO 9001:2015
Catégories Logiciels
Numérique
Accès aux données in situ et modélisation
Calcul scientifique
Autre(s) catégorie(s)
Disciplines scientifiques Biologie marine
Microbiologie
Modélisation numérique
Génomique / Génétique
Ecologie marine
Bioinformatique
Domaines d'action stratégiques Ressources énergétiques et minières marines
Environnement et valorisation du littoral
Exemples de travaux Elixir : traitement et organisation des données de bio-informatique au niveau européen. EMODNet Biology Associated Data Partner. Idealg, Oceanomics. Projets ANR : Cinnamon, Impekab, Hapar, ?
URL travaux http://abims.sb-roscoff.fr/projects
Propriété de / opéré par
Site internet Station Biologique Roscoff
La Station Biologique de Roscoff est un centre de recherche et d'enseignement en biologie et écologie marines . Elle dépend du Cnrs et de Sorbonne Université
Site internet Sorbonne Université
Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire, de recherche intensive et de rang mondial. Ancrée au c?ur de Paris, présente en région, elle est engagée pour la réussite de ses étudiants et s'attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle.
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