Plateforme de bioinformatique ABiMS
Description
Type d'entité Plate-forme
Détail activité / Présentation générale ABiMS propose des analyses et des développements aux équipes de recherche dans le cadre de collaboration scientifique sous forme de projets. Son offre de service est répartie en cinq activités : - e-infrastructure : cluster de calcul, Galaxy, JBrowse/Apollo, RStudio, banques, stockage and logiciels scientifiques - Bio-analyse : analyse de données -omics\' (RNAseq, assemblage, metagénomique, metabarcoding, etc.) - Ingénierie logicielle : création de sites web, logiciels et de base de données - Formation : RNASeq, phylogénie, Linux, R, Python - Support : pour l\'utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.) La plate-forme ABiMS appartient aux infrastructures nationales : Institut Français de Bioinformatique (IFB) et EMBRC-France.
Mots-clés bioinformatique, HPC, stockage, analyses de données, ingénierie logiciel, base de données
Label(s) Biogenouest
Elixir
EMBRC-ERIC
EMBRC-France
Infrastructure de Recherche (I.R.) du MESRI
Institut Français de Bioinformatique
ODATIS
Site internet Plug in labs Ouest
Entités rattachées
Bases de données
Calculateur haute performance
Logiciels

Services
Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
Analyses bioinformatique
E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
Formations
Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
Propriété de / opéré par
Site internet Station Biologique Roscoff
Site internet Sorbonne Université
Localisation et contact
CORRE Erwan
Téléphone référent +33 (0)2 98 29 25 43
Email Envoyer un email
Adresse Station biologique de Roscoff - Place Georges Teissier
Complément d'adresse CS 90074
Code postal 29688
Commune ROSCOFF
Services
Service : Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
Service proposé Accès à l'infrastructure de calcul dans le domaine des sciences du vivant
Description du service Accès à l'infrastructure de calcul, cluster de serveurs HPC de 32 Go et 2 To de RAM. Stockage sécurisé: 1.7 Po
Publics concernés Entreprises
Partenaires de recherche
Autres chercheurs
Modalités d'accès Environné
Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/account
Conditions particulières
Mobile ?
Service : Analyses bioinformatique
Service proposé Analyses bioinformatique
Description du service
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Conditions particulières
Mobile ?
Service : E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
Service proposé E-infrastructure dans le domaine des sciences du vivant
Description du service
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Conditions particulières
Mobile ?
Service : Formations
Service proposé Formations
Description du service
Publics concernés
Modalités d'accès
URL modalités d'accès
Conditions particulières
Mobile ?
Service : Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
Service proposé Ingéniérie logiciel dans les domaines des sciences du vivant et de l'océanographie
Description du service Le développement logiciel a pour objectif de procurer aux équipes de recherche et à la communauté d'utilisateurs des bases de données et outils adaptés à leurs besoins
Publics concernés Partenaires de recherche
Modalités d'accès Collaboration de recherche
URL modalités d'accès http://abims.sb-roscoff.fr/projects/request
Conditions particulières
Mobile ? oui non
Description
Catégorie(s) Numérique
  Accès aux données in situ et modélisation
  Calcul scientifique
  Logiciels
Disciplines scientifiques Biologie marine
Bioinformatique
Ecologie marine
Génomique / Génétique
Microbiologie
Modélisation numérique
Domaines d'action stratégiques Ressources énergétiques et minières marines
Environnement et valorisation du littoral
Certification, normalisation, calibration ISO 9001:2015
Exemples de travaux Elixir : traitement et organisation des données de bio-informatique au niveau européen. EMODNet Biology Associated Data Partner. Idealg, Oceanomics. Projets ANR : Cinnamon, Impekab, Hapar, …
Travaux et collaborations
http://abims.sb-roscoff.fr/projects
Propriété de / opéré par
Site internet Station Biologique Roscoff
La Station Biologique de Roscoff est un centre de recherche et d'enseignement en biologie et écologie marines . Elle dépend du Cnrs et de Sorbonne Université
Site internet Sorbonne Université
Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire, de recherche intensive et de rang mondial. Ancrée au c?ur de Paris, présente en région, elle est engagée pour la réussite de ses étudiants et s'attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle.
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